La gestión de los ecosistemas y los recursos naturales implica en determinados casos la necesidad de actuar para corregir un daño, revertir una tendencia o proteger una especie, enclave o ecosistema. Tanto las actividades humanas que transforman directamente el entorno natural (obras y explotaciones hidráulicas y de recursos minerales o vivos), como las que afectan a los ecosistemas de forma más diferida (cambio climático, introducción de especies invasoras, etc) pueden requerir medidas correctoras, paliativas o compensatorias. Puesto que en todos los casos se afecta a procesos dinámicos, estas medidas deben ser adaptativas y eficientes.

ECOHYDROS prioriza el conocimiento de los elementos clave como base para la gestión de los ecosistemas, utilizando ese conocimiento y el acceso a las nuevas tecnologías para actuar de forma eficiente y poco invasiva. Se ofrecen soluciones que intervienen sobre determinados organismos mediante técnicas eléctricas de captura, guiado y rescate de peces o la lucha contra algas nocivas y microorganismos invasores mediante ultrasonidos. En aplicación del concepto de biomanipulación se ensayan virtualmente y se aplican técnicas de control/erradicación de especies y otras que favorecen la implantación de determinados grupos de organismos para restituir redes tróficas o funcionalidades (humedales controlados, islas flotantes, biorremediadores, etc.).